Университет Нагоя начал свою деятельность в Узбекистане с 2000 года в рамках правительственной программы Японии «Правовой помощи». В целях оказания содействия в области подготовки высококвалифицированных кадров в сфере юриспруденции и государственного управления, в 2005 году Университет Нагоя открыл Центр исследования японского права в Ташкентском государственном юридическом университете. В данном Центре студенты ТГЮУ изучают японское право и политику на японском языке.

   В 2009 году Кабинетом Министров Японии принято решение открыть Представительство Университета Нагоя в Ташкенте (региональный офис в Центральной Азии), который стал «едином окном/хабом» для всех японских ВУЗов.
   В рамках визита Премьер-министра Шиндзо Абе в Узбекистан в 2015г., Университет Нагоя открыл новую докторскую программу для молодых госслужащих. В октябре 2019 года, Университет Нагоя зачислил еще 2 двух талантливых госслужащих в докторскую программу, которые регулярно будут проходить дистанционное обучение в Университете Нагоя, без отрыва от основного места работы. Сотрудник Комитета женщин Республики Узбекистан будет проходить обучение на факультете права, а представитель Государственной инспекции по надзору за качеством образования на факультете педагогики и развития людских ресурсов.

   В рамках визита Ш.Абе, Узбекистан и Япония также подписали Меморандум о сотрудничестве по созданию Узбекско-Японского инновационного центра молодежи. Университет Нагоя тесно сотрудничает с Ташкентским государственным техническим университетом в области подготовки кадров, реализации совместных научно-исследовательских проектов для успешной реализации данного проекта.

   С 2000 года по настоящее время, Университет Нагоя выпустил более 200 высококвалифицированных кадров из Узбекистана в области юриспруденции, медицины, экономики, инжиниринг и других специальностей, многие из которых работают в различных министерствах и ведомствах, организациях и компаниях республики. Кроме деятельности Университета Нагоя в области подготовки кадров, профессора данного ВУЗа активно принимают участие в реализации проектов по подготовке законопроектов, комментариев, учебников, пособий по актуальным направлениям законотворчес  Вместе с тем, Университет Нагоя является инициатором проведения Узбекско-японской ректорской конференции и Узбекско-Японского академического форума.

 С 2010 года Представительство на регулярной основе проводит Ежегодную образовательную выставку, которая знакомит узбекских студентов с грантами правительства Японии и активизирует межуниверситетское сотрудничество.

   В настоящее время Университет Нагоя имеет партнерские отношения со следующими ВУЗами Узбекистана:

1. Ташкентский государственный юридический университет;
2. Университет мировой экономики и дипломатии;
3. Самаркандский государственный университет;
4. Академия государственного управления при Президенте Республики Узбекистана;
5. Ташкентский государственный технический университет;
6. Ташкентский государственный экономический университет;
7. Самаркандский государственный институт иностранных языков;
8. Ташкентский университет информационных технологий.